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| 1946年(昭和21年9月) | 前身の社団法人農薬協会設立 |
| 1953年(昭和28年6月) | 農薬協会を社団法人日本植物防疫協会に改組 事務所を東京都北区西ヶ原(農林省農薬検査所内)に設置 |
| 1955年(昭和30年5月) | 事務所を豊島区駒込に移転 |
| 1957年(昭和32年7月) | 研究所を小平市に開設 |
| 1967年(昭和42年5月) | 資料館を研究所敷地内に開館 |
| 1974年(昭和49年1月) | 研究所を改築 |
| 1977年(昭和52年3月) | 試験研究農場を茨城県牛久市に開設 |
| 1981年(昭和56年6月) | ウイルス抗血清作製施設を試験研究農場内に設置 |
| 1982年(昭和57年5月) | 高知試験農場を高知県野市町に開設 |
| 1986年(昭和61年4月) | 宮崎試験農場を宮崎県佐土原町に開設 |
| 1989年(平成元年4月) | 試験研究農場に研究棟を新築 牛久市に研究所を移転(小平分室を設置) |
| 1996年(平成8年4月) | 高知試験農場・宮崎試験農場をそれぞれ高知試験場・宮崎試験場に改称 |
| 1997年(平成9年4月) | 研究所に分析施設を設置・業務開始 |
| 2006年(平成18年1月) | 研究所山梨試験地を山梨県山梨市に開設 |
| 2007年(平成19年4月) | 研究所成東試験地を千葉県成東市に開設 |
| 2010年(平成22年9月) | 事務所を現在地の北区中里に移転 |
| 2011年(平成23年1月) | 研究所・成東試験地・山梨試験地をそれぞれ茨城研究所・千葉試験場・山梨試験場に改称 |
| 2011年(平成23年4月) | 資料館を北区中里(本部内)に移転 |
| 2011年(平成23年6月) | 山梨試験場を山梨市南に移転 |
| 2012年(平成24年4月) | 一般社団法人日本植物防疫協会となる |

